儘管鰲鼓擁有絕佳自然資源，但近年來由於區內水路系統堵塞、淡水浥注不足、水質漸趨污染、棲地面積減少等等問題，以致相關鳥類資源與溼地環境惡化。因此，嘉義縣政府認為維護本地溼地環境刻不容緩的事。

    嘉義縣政府目前正執行經費五百萬之「嘉義縣鰲鼓溼地生態調查、環境復育計畫及整體發展規劃」之委託規劃案。整體發展規劃如下：

1. 符合國際水準的荒野保育形態，進行低度開發。
2. 成為台灣優質生態旅遊示範之指標性區域。
3. 提出本區域之營理計畫，朝旅客總量管制發展。
4. 進行分區規劃，朝維持棲地多樣性、賞鳥區、生態教育區、台糖傳統產業文化區等方向發展。

    本區未來定位為國際級生態旅遊地，然而，所謂「國際級」在此的意義並非指豪華享受、寬敞的柏油路等物質上的指標。相反的，此地能提供的乃是無可取代的多樣性生物、千鳥齊飛、荒野與溼地等等自然心靈的高水準饗宴。