鰲鼓溼地多年來，因為低度開發，人煙罕至，形成了非常優美的溼地環境。擁有相當多樣化的棲地、包括紅樹林、淡海水的潮間帶、溪流地、深水沼澤、泥質灘地、草澤、防風林、水田、旱作區等，每個地方都有不同的生態，這些生態環境，吸引了大批的候鳥、水鳥及留鳥來此。也因此鰲鼓溼地列名全球性保育組織國際鳥盟（BirdlifeInternational）重要棲地名錄。

    就以生物多樣性的指標的來說，鰲鼓的植物超過70科300種，鳥類超過45科230種，稀有及保育性鳥種高達30種以上，全國為數最多澤鵟、魚鷹等猛禽在此渡冬。若包括其他的昆蟲、兩棲爬蟲、招潮蟹、彈塗魚等生態的話，這裡更是生態的寶地。